明代实行里都图制，厦门为嘉禾里，下设4个都，每个都下辖2个图。明洪武二十七年（1394年），永宁卫的中、左2个千户所移驻嘉禾屿，并筑厦门城，此后遂以中左所作为厦门岛的代称。清顺治十二年（南明永历九年，1655年），郑成功改中左所为思明州，所辖境域包括厦门岛、鼓浪屿、浯洲（大金门）、烈屿（小金门）等岛屿。清康熙十九年（1680年）清军攻占思明州。康熙二十二年（1683年），福建水师提督移驻厦门，翌年设立台厦兵备道（雍正五年改为台湾道），管理台湾、厦门两地政务。康熙二十五年（1686年）泉州府海防同知移驻厦门。清雍正五年明代实行里都图制，厦门为嘉禾里，下设4个都，每个都下辖2个图。明洪武二十七年（1394年），永宁卫的中、左2个千户所移驻嘉禾屿，并筑厦门城，此后遂以中左所作为厦门岛的代称。清顺治十二年（南明永历九年，1655年），郑成功改中左所为思明州，所辖境域包括厦门岛、鼓浪屿、浯洲（大金门）、烈屿（小金门）等岛屿。清康熙十九年（1680年）清军攻占思明州。康熙二十二年（1683年），福建水师提督移驻厦门，翌年设立台厦兵备道（雍正五年改为台湾道），管理台湾、厦门两地政务。康熙二十五年（1686年）泉州府海防同知移驻厦门。清雍正五年（1727年）分守兴泉道移驻厦门，雍正十二年（1734年）改称兴泉永道，管辖兴化府（莆田）、泉州府和永春州。至此，厦门成为福建东南沿海的军事、政治、经济中心。鸦片战争之后，清政府被迫与英国签订《南京条约》，厦门成为《南京条约》中规定的5个通商口岸之一。清道光二十三年九月十一日（1843年11月2日），厦门开埠。清光绪二十八年十月二十二日（1902年11月21日），清政府批准《厦门鼓浪屿租界土地章程》，鼓浪屿成为“万国租界”。清宣统三年（1911年）辛亥革命爆发，同年九月二十四日（11月14日）厦门光复，清朝在厦门岛统治结束。